組織・組織図
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議会（規約第2章）
| 議員定数 | 15人 |
|---|---|
| 議員構成 | 各構成市議会の議員から5人を選出 |
| 任期 | 各構成市議会の議員としての任期 |
| 定例会 | 年2回 |
執行機関（規約第3章）
| 管理者 | 1人（構成市長互選） |
|---|---|
| 副管理者 | 2人（管理者以外の構成市長） |
| 会計管理者 | 1人（管理者が職員の中から任命） |
| 監査委員 | 2人（識見を有する者、議会選出の者） |
補助職員（定数条例）
| 区分 | 定数 | 実数 |
|---|---|---|
| 事務局職員 | 51人 | 41人 事務局長(1人)：総務課(6人)：電算課(4人)：介護保険課(27人)：会計課(3人) |
| 消防本部職員 | 145人 | 145人 消防長(1人)：次長(2人)：総務課(6人)：予防課(5人)：警防課(5人)：指令課(11人) 島原消防署(52人)：南島原消防署(63人) |
※防災航空隊(1人)
調査会（附属機関 設置条例）
地方自治法第138条の4台3項の規定に基づき設置、管理者の要請に基づき組合の共同処理事務について調査研究し、必要な調整を行う機関| 定数 | 13人（実数12人） |
|---|---|
| 構成 | 構成市副市長及び職員、長崎県島原振興局の職員、組合の職員 |